1458: Any d'inici de funcionament de l'Hospital, que no es reformarà però fins el 1460.
1462: Inici de la Guerra Civil Catalana, que afectà a tot el territori.
1470: Part de la sentència del Cardenal de Foix es transcrita al Llibre de Privilegis, la Carta Magna de la ciutat d'Urgell.
1472: Capitulació de Pedralbes i fi de la Guerra Civil Catalana.
1473: Es construeix la Casa de la Ciutat sobre l'antiga església de Santa Eulàlia, del Segle XI.
1474: Nou esclat de Pesta a la ciutat.
1490: El Bisbat d'Urgell passa d'estar integrat al Tribunal de la Inquisició de Lleida, per estar-hi al de Barcelona.
1530: Es construeix el Molí de la Ciutat al Portal de Soldevila.
1536: Habitants de Castellbó assassinen al Cònsol en cap de la Seu, Jaume de Santmartí, amb l'amenaça dels francesos i hugonots, propera a Andorra.
1539: El músic Joan Brudieu és nomenat cantor de la Catedral de la Seu d'Urgell, de la que serà sacerdot des del 1546.
1546: S'acorda que des d'aleshores, la moneda de la ciutat tindrà preferència sobre les altres als comerços de la ciutat.
1548: El Castell de Ciutat passa a dependre de la jurisdicció reial amb l'extinció del Vescomtat de Castellbó. Primera evidència de què es feia el Cant de la Sibil·la a la Seu amb motiu de la Missa del Gall.
1567: S'acorda que els cònsols de la ciutat siguin escollits per antiguitat, dignitat i títol.
1576: Es construeix el Convent Agustí de Santa Magdalena.
1579: Any de construcció de les mesures que actualment es conserven al Carrer Major.
1582: S'organitza la primera defensa a la Seu per l'amenaça dels hugonots, que no s'atreveixen a entrar-hi.
1585: Inici de la construcció del convent de Sant Agustí, a l'anomenada "era de la ciutat". És on es troba actualment la Biblioteca Sant Agustí.
1586: Mor el Bisbe fra Huc Ambròs de Montcada i els problemes amb el bandolerisme a la Seu s'agreugen.
1588: El nou Bisbe, fra Andreu Capella pren possessió del seu càrrec enmig de gran conflictivitat a la ciutat. Els bandolers assassinen 2 veïns de La Seu als murs i 40 francesos ataquen la ciutat al març, tot i que la Seu resisteix.
1592: El Papa Climent VIII expedeix la butlla de creació del Seminari de la Seu, situat on hi ha l'actual Casa de la Missió.
Segle XVI: Possiblement, el Ball Cerdà neix a les acaballes del Segle XVI.
1601: Inici de les obres del col·legi de Sant Andreu, el primer dels jesuïtes a la Seu. Les obres finalitzen el 1605.
1612: Pau Claris i Casademunt és nomenat canonge d'Urgell, marcant l'inici d'una època de major poder dels Canonges a la Seu, enfrontats amb el Bisbat. El 1638 seria president de la Generalitat.
1633: Pau Durán és nomenat nou bisbe d'Urgell, a petició de Felip IV, tot i no arribar a la Seu fins l'any 1635.
1636: Primers enfrontaments entre el nou bisbe i els canonges
1637: El Duc de Cardona envia 130 soldats per combatre el bandolerisme. Aquests, s'allotjaren a casa dels canonges per petició del Bisbe, tot i la oposició d'aquests. Dos canonges foren processats.
1639: Últims enfrontaments entre el Bisbe i els Canonges a l'església de Sant Miquel. Quatre canonges foren excomunicats al ferir el vicari general, Dr. Andreu Perpinyà.
1640: Fugida de 5 dies dels canonges de la Seu (francòfons) a Arfa, enmig de la Guerra dels Segadors, iniciada el mateix any. Pacte de Pau Claris amb els francesos per enfrontar-se a Felip IV.
1641: Graus enfrontaments entre els Canonges de La Seu i els ciutadans d'aquesta pel desenvolupament de la Guerra. El Capítol però, era majoritàriament pro-francès.
1650: Mor el Bisbe Pau Duran, declarat enemic capital de la pàtria a Areny de Noguera.
1654: Tot i la caiguda de Barcelona el 1652, la guerra no havia acabat del tot i el príncep Conti ocupa pacíficament la Seu, amb la col·laboració dels canonges pro-francesos refugiats al Rosselló. Els canonges de la Seu van fugir a Oliana i li van explicar la caiguda de la ciutat a Felip IV.
1657: Els canonges fugits intenten recuperar la Seu marxant Segre amunt (3000 soldats). Però els reforços francesos els van fer recular a les portes de la ciutat.
1660 : Es signa la Pau dels Pirineus, que tot i els intents francesos de considerar la Seu com a part del domini de Lluís XIV, obliga als francesos a marxar de la ciutat.
1670-1681: Entre aquests anys, Enric Moliné va editar la Crida que va fer el veguer episcopal, per tal de complir les disposicions bàsiques de convivència i sanitat a la ciutat.
1691: L'exèrcit francès torna a atacar la Seu, iniciant un any de continues ocupacions franceses intermitents.
1692: S'inicien les primeres reformes al Castell de Ciutat, molt malmès després de les últimes ofensives franceses.
Segle XVII: Es reforma la Torre de Solsona arran de la Guerra de Successió.
1700: Carles II mor i s'inicien una sèrie de grans funerals a la ciutat, no sense polèmica per la poca col·laboració dels canonges, continuant amb les polèmiques d'anys enrere.
1701: Els cònsols de la ciutat encarreguen a un pintor un quadre que vinculi Hèrcules amb la ciutat, per aprofitar el mite fundacional.
1704: Catalunya proclama com a rei l'arxiduc Carles d'Àustria, en detriment de Felip V. També la Seu, es posa del costat de l'arxiduc Carles III.
1705: L'artilleria del Castell de Ciutat baixa en rais fins a Ponts. Llorenç Tomàs i Costa, nascut a la Seu, es converteix en Canceller del Principat de Catalunya.
1706: La Seu envia 60 homes per participar al setge de Barcelona, mentre el castell de Ciutat i les muralles de la Seu es començaven a reparar.
1707: Es nomena a Josep Moragues com a governador del castell de Ciutat.
1711: Després de l'ofensiva borbònica, les úniques ciutats que restaven al costat de l'arxiduc eren: Barcelona, Tarragona, Tortosa, Puigcerdà i La Seu.
1713: Moragues capitula el 28 de setembre, essent La Seu conquerida pels borbònics. La guerra, finalitzaria amb la capitulació de Cardona i Barcelona, l'11 de setembre de 1714.
1719: Tropes franceses antiborbòniques ocupen la Seu, restaurant el règim de la insaculació. La Seu fou l'últim lloc de Catalunya en tenir insaculació dels càrrecs municipals.
1720: Tropes borbòniques reconquereixen el castell de Ciutat posant fi a l'ocupació francesa.
1721: Fundació del Convent de les Monges de la Companyia de Maria.
1726: Inici del Llibre de Notes, un dietari redactat pels secretaris de l'Ajuntament de la Seu.
1739: Segons el Llibre de Notes, s'inicia aquí una etapa d'inestabilitat climàtica, amb rogatives a Sant Ot i Sant Ermengol perquè fes sol o plogués.
1756: Es construeix la capella nova de Sant Ermengol, al transsepte nord de la Catedral.
1764: Es fa l'escrivania de plata de la Casa de la Ciutat.
1767: Expulsió dels jesuïtes de la Seu i desaparició del Col·legi de Sant Andreu.
1786: Primeres reclamacions per a fer un cementeri nou fora de la ciutat, que no es construirà fins el 1830.
1788: Gran tongada de terratrèmols a la Seu, que va provocar l'abandó de cases i la reclamació d'obertura de les portes de la muralla.